4 obične kornjače u prometnoj nesreći bivaju zalivene mutagenom tekućinom od koje poprimaju izvjesne ljudske karakteristike, razvijaju neopisivu privrženost pizzama i sklonost zbijanju šala i pošalica. Osim njih, mutagenom biva zaliven i Splinter, nekoć štakor u vlasništvu ninjutsu stručnjaka po imenu Hamato Yoshi, a čiju je smrt skrivio izvjesni super-zločinac imenom Shredder..
I dok kod kornjača mutacija uz sve navedeno razvije i potrebu za djeljenjem pravde, od Splitera će napraviti vrhunskog učitelja borilačkih vještina koji će pak posvojiti kornjače i imenovati ih po čuvenim renesansnim umjetnicima: Leonardo, Donatello, Raphael i Michelangelo. Zajedno će se uputiti u borbu protiv rečenog Shreddera i inih zločinaca, a putem zbijati šale i konzumirati nevjerojatne količine junk-fooda.